1、对于自然人股东的公司在注销清算时，若是账面上存在未分配利润、盈余公积等，按照实收资本中自然人股东占比来计算分红的20%的个税。
2、剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失，这部分所得应按照财产转让所得，缴纳20%个人所得税。
3、注销清算时清算所得不存在企业所得税优惠税率的情况，比如注销之前属于小型微利企业，但是注销清算所得不存在这样的优惠，一律适用25%的企业所得税。
1、《企业所得税法实施条例》第十一条规定，企业所得税法第五十五条所称清算所得，是指企业的全部资产可变现价值或者交易价格减除资产净值、清算费用以及相关税费等后的余额。 投资方企业从被清算企业分得的剩余资产，其中相当于从被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中应当分得的部分，应当确认为股息所得；剩余资产减除上述股息所得后的余额，超过或者低于投资成本的部分，应当确认为投资资产转让所得或者损失。”
2、根据《关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕60号）五、企业全部资产的可变现价值或交易价格减除清算费用，职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，结清清算所得税、以前年度欠税等税款，清偿企业债务，按规定计算可以向所有者分配的剩余资产。
被清算企业的股东分得的剩余资产的金额，其中相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得；剩余资产减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。
3、根据《国家税务总局关于印发〈中华人民共和国企业清算所得税申报表〉的通知》（国税函〔2009〕388号）附件2：《中华人民共和国企业清算所得税申报表及附表填报说明》第12行“税率”明确“填报企业所得税法规定的税率25%”。
4、《天津市国家税务局 天津市地方税务局关于发布<企业清算环节所得税管理暂行办法>的公告》（天津市国家税务局 天津市地方税务局公告2016年第19号）“第十六条 企业清算期间不属于正常的生产经营期间，企业清算所得应按照税法规定的25%税率缴纳企业所得税。”
